你是否曾閱讀《科學》或《自然》雜誌上的論文，心想：「哇，這項研究太酷了。我真希望能在自己的數據上試試這個方法。」結果卻花了一週時間與別人未經文件化的儲存庫、損壞的依賴項和半成品 readme.txt 搏鬥？

現在，你或多或少可以實現這個願望了。

隆重介紹 Paper2Agent，這是一個全新的開源框架，能將學術報告轉化為可互動的 AI 代理人，你可以與之對話。

只要提供論文，以及隨附的程式碼庫、數據或其他補充材料，系統就會自動提取核心工作流程，然後建立一個經過測試、可執行的工具包，供你在自己的數據集上使用。

這個概念聽起來可能有點像 Google 的 NotebookLM（現稱 Gemini Notebook），它允許你上傳文件並與 AI 聊天，討論文件內容。

但 Paper2Agent 的目標是更進一步：它的代理人不僅能回答關於論文的問題，還能實際執行論文中描述的方法，甚至可能將這些方法與其他論文中的工具結合。

史丹佛大學電腦科學家 James Zou 解釋說，其目標是從根本上改變科學論文的本質。

Zou 表示：「知識不應該是靜態的記錄。它應該是動態且互動的，這帶來許多好處，包括讓知識更具可重複性，同時也能促成各種新型態的發現。」

Zou 和他的同事於 9 月 16 日在《自然》雜誌上描述了這個工具。他們在統計學、計量經濟學和天文物理學等多個學科中測試了 Paper2Agent。

然而，研究人員將概念驗證的演示重點放在計算生物學上，因為在這個領域，將已發表的方法轉化為可用工具尤其繁瑣。

從論文到提示詞

該團隊從 AlphaGenome 開始，這是一個深度學習模型，用於預測 DNA 突變如何影響基因調控。（本月稍早發布的配套資源 AlphaGenome Atlas，則編目了該模型對人類基因組中所有 90 億個可能的單字母變化的預測。）

研究人員將 AlphaGenome 的相關文件和程式碼輸入 Paper2Agent。大約 45 分鐘後，在沒有任何人工干預的情況下，AI 便在個人筆記型電腦上生成了 22 個工具，涵蓋 AlphaGenome 功能的不同面向，運算成本不到 15 美元。

例如，其中一個工具可以預測 DNA 變化如何影響基因活動，而其他工具則可以比較這些影響在不同組織中的差異，或一次分析多個變異。

所有 22 個工具都通過了自動驗證，這歸功於一個在幕後運作的測試代理人，它會將各種 AlphaGenome 子工具與參考結果進行比對。

如果測試失敗，該代理人會診斷問題並嘗試修復工具，每個功能最多嘗試六次。如果仍然無效，它可能會完全捨棄該工具。

這些經過驗證的工具隨後被打包到一個 Model Context Protocol 伺服器中，並連接到 Claude Code（儘管任何相容的基於聊天的 AI 助理都可以）。

最終形成了一個面向使用者的 AlphaGenome 代理人，它能接收用簡單英文提出的問題，執行適當的分析，並回傳結果和視覺化圖表。

隨後，該團隊對這個代理人進行了測試，提出了一系列問題，從簡單的請求到開放式的研究問題。

根據研究人員的分析，它在給定 AlphaGenome 程式碼庫的情況下，表現優於標準的 Claude 以及一個名為 Biomni 的專業 AI 協同科學家工具。

多代理人研究論文協作

更進一步，研究人員將另外幾篇論文轉化為互動式代理人，並將它們與 AlphaGenome 代理人連結。（其中一篇額外論文探討了與自體免疫疾病相關的遺傳 DNA 變異如何破壞細胞功能，而另一篇則更系統地探索了抑制每個表達基因如何改變免疫細胞。）

當被要求調查牛皮癬（一種發癢的皮膚病）的遺傳基礎時，這三個代理人共同鎖定了一個鮮為人知的基因 GPR137，認為它可能是致病因子。

更重要的是，AI 提出了 10 種驗證此推論的方法。一位人類研究人員選擇了其中一種，結果分析發現，抑制 GPR137 產生的基因活動變化與牛皮癬相關變異在免疫細胞中引起的變化驚人地相似。

Zou 表示：「這些代理人因為能夠直接協作和溝通，可以促進所有這些類型的合作。」

其他研究人員也看到了巨大的潛力。馬里蘭大學學院公園分校的電腦科學家 Dongping Chen 表示：「透過代理人介面使論文更具動態性和可執行性的想法非常引人注目。」

「代理人化本身就是一個有用的證明，它表明『這項工作相對完整且文件齊全』。」，史丹佛大學 James Zou

紐約市威爾康奈爾醫學中心 Englander 精準醫學研究所所長、計算生物學家 Olivier Elemento 認為，這種方法對研究人員分享工作的方式具有更廣泛的影響。

他表示：「這在我們思考出版流程方面是一個真正的進步，將 AI 置於核心位置，並以一種讓出版物更具互動性的方式呈現。」（Elemento 曾為《自然》雜誌審閱這項研究。）

潛在應用也超越了學術界的研究層面。波蘭軟體公司 VirtusLab 的應用開發主管 Artur Skowroński 在一篇部落格文章中指出，Paper2Agent 可以幫助科學論文在課堂上變得生動起來。

例如，學生可以使用代理人來實際操作文獻中描述的方法，而不僅僅是閱讀它們。

代理人化研究論文的未來

隨著 Paper2Agent 的啟動和運行，Zou 和他的同事們已經開始將更多自己的研究論文轉化為代理人。就在他們關於 Paper2Agent 的《自然》論文發表一天後，他們公布了 Virtual Biotech，這是一個以藥物開發公司為模型的多代理人平台。

他們在《科學》雜誌上描述了這個系統，同時也發布了由 Paper2Agent 生成的該論文的代理人化版本。

然而，並非所有他們提交給該工具的研究都能轉化為代理人。在他們嘗試的 100 篇計算生物學論文中，有 26 篇未能成功轉化為代理人形式，通常是因為程式碼不完整、文件缺失，或存在其他無法正常運作的軟體套件。

但 Zou 將此視為一個特色，而不一定是錯誤。當系統卡住時，它可以揭露缺失的資訊、程式碼中的錯誤，或論文與其實作之間的不一致，這些問題在其他情況下可能不會被注意到。

正如 Zou 所說：「代理人化本身就是一個有用的證明，它表明『這項工作相對完整且文件齊全』。」

Zou 表示，人類科學家仍將擁有最終決定權。但他預見代理人將成為發表論文的一部分。

今天，論文附有數據和程式碼可用性聲明。他建議，未來它們可能會附帶一份「代理人可用性」聲明：一個全天候、任何語言皆可使用的虛擬通訊作者，回答真實作者從未有時間回答的問題。

很自然地，Zou 和他的同事決定在他們自己的研究上嘗試這個想法。他們將 Paper2Agent 的手稿輸入 Paper2Agent，創建了一個現在位於 paper2agent.ai 的代理人。

換句話說，一篇關於將論文轉化為代理人的論文，已經將自己轉化為一個代理人。這種遞迴似乎已經開始了。